San Diego tuvo una restauración en 1976

En 1976, con el apoyo de la Unesco y del Banco Central (bajo la guía del arquitecto Hernán Crespo Toral), el convento fue restaurado. Por ello, en 1980, en la presidencia de Jaime Roldós, se abrió el museo. En 1985 ocurrió otra gran intervención: el techo fue habilitado por el Banco Central para evitar que se filtrara la humedad por las lluvias.

En abril del 2013 concluyó, al cabo de seis meses, la restauración de la plaza. Participaron cinco técnicos del Instituto Metropolitano de Cultura (IMP) y 30 obreros. El costo: USD 157 057. Se respetó la trama del piso: al hallar vestigios de ladrillo se fijó este material, lo mismo con la piedra. Se usaron químicos para limpiar la gran cruz de piedra y la base. La iluminación fue cambiada.

Desde hace dos meses, un grupo de técnicos de la UTE restaura el coro, un lugar valioso por la sillería (siglo XVIII) y por los 28 óleos (de 80x40) que son limpiados con un gel especial. Los técnicos son: Galo y Hernán Villagómez, Carlos Naranjo y Jimmy Sarango. Además, conservan el balcón (al fondo está el altar mayor), en el que se destacan cuatro figuras de madera de atlantes (seres mitológicos del mar). Dos frescos en las paredes también se intervienen.