El claustro occidental soportó un terremoto en 1755

El convento ha sufrido la arremetida de erupciones del volcán Pichincha y de muchos terremotos a lo largo de los años. Pero las gruesas paredes se han mantenido incólumes gracias a la protección de La Virgen de la Merced, cuyos devotos creen que ella cuida a Quito de las catástrofes.

Por ello el claustro occidental, el más antiguo, fue el único que quedó en pie ante la fuerza del terremoto del 26 de abril de 1755.

La cúpula cayó, pero fue reconstruida. Con el devenir de los años, más sismos dañaron o afectaron la iglesia, cúpula, torre, bóvedas y dañaron las edificaciones de los claustros. El último, de magnitud, ocurrió el 5 de marzo de 1987. Afectó a la iglesia y a la torre. La restauración del templo la hizo el Banco Central y el Fonsal del convento.