La nave central soportó el terremoto de 1987

La iglesia, desde el principio, tenía una cúpula sobre el altar mayor. Se desplomó en el siglo XVIII. No la volvieron a reconstruir, porque era muy pesada. Se omite la cúpula y se mantiene la idea de la bóveda de estilo gótico.

Viene el terremoto de 1868, cayó toda la nave central y la reconstruyeron, 12 años después, mediante el estilo neogótico, más liviano. El terremoto de marzo de 1987 afectó parte de la nave central, pero no implicó su derrumbe. Hubo grandes cuarteaduras en la nave y fisuras. La sostuvieron los gruesos pilares, sin embargo, en 1987 empiezan las restauraciones, no solo de la iglesia, también se intervine en el convento: el refuerzo de las columnas y de los cielorrasos, cubiertas nuevas, cierre de goteras, etc.

En 1997, con el apoyo del Municipio de Quito, se intervienen las pinturas murales de la iglesia. Se encuentran en toda la iglesia. Esa fue la última intervención grande. La cripta y el artesonado de la sala serán restauradas hasta octubre de este año.